前身为1954年成立的华南特种林业研究所植物保护研究室（广州）
1958年由广州迁往海南儋县（儋州）
1978年更名为植物保护研究所（儋州）
2002年10月更名为环境与植物保护研究所（儋州）
2012年11月创新主体从儋州转移到海口（海口）
“十一五”期间被评为全国农业科研“百强”研究所。
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